Das Alter der jüdischen Gemeinde läßt sich in Gaukönigshofen wie in vielen
anderen Orten nur ungefähr bestimmen. Einen kleinen Hinweis geben die Gerichtsbücher von Ochsenfurt, die für das Jahr 1555 jüdische Einwohner in Gaukönigshofen verzeichnen.

Über 200 Jahre später, genauer 1769, fand eine Synagoge erstmals urkundliche Erwähnung, ein Anhaltspunkt dafür, dass sich inzwischen eine eigenständige Kultusgemeinde gebildet hatte. Inwieweit die Synagoge schon einen Vorläufer hatte oder ob es das erste Gotteshaus im Dorf war, ist nicht bekannt. 1790 und 1842 fand ein Neu- oder Umbau der Synagoge statt. Im Jahr 1820 wurde das Gebäude erneut renoviert. Am 18. Juni 1939 gingen das jüdische Gemeindehaus mit Schule und Lehrerwohnung sowie die Synagoge in den Besitz der politischen Gemeinde Gaukönigshofen über. In den folgenden Jahren diente das Gebäude als Lager- und Wohnhaus, bis man 1988 mit der Umgestaltung zur Gedenkstätte begann. Bei diesen Bauarbeiten kamen die Überreste eines Kellerraums zum Vorschein. Dabei handelte es sich möglicherweise um die Überreste eines Ritualbades, das vor dem Bau der "neuen" Mikwe 1819 in Benutzung war.