Zum Erhalt ökologisch besonders wertvoller Flächen werden Naturschutzgebiete festgesetzt. Sie bilden zusammen mit Nationalparken die nach Naturschutzrecht am strengsten geschützten Gebiete.

Die Ausweisung von Naturschutzgebieten liegt in der Verantwortung der Höheren Naturschutzbehörden der Bezirksregierungen. Betreuung und Überwachung ist der Aufgabe der Unteren Naturschutzbehörde am Landratsamt.

Im Landkreis Würzburg gibt es zwölf ausgewiesene Naturschutzgebiete.